D66 maakt zich vanaf haar oprichting sterk voor een meer directe betrokkenheid van burgers bij het bestuur. Dat leidde in de loop der tijd tot voorstellen over de gekozen formateur, het referendum en de gekozen burgemeester.

In het kabinet Balkenende II zette D66 minister Thom de Graaf (Bestuurlijke Vernieuwing en Koninkrijkrelaties)zich in voor modernisering van het kiesstelsel. Na de verwerping van zijn wetsvoorstel over de gekozen burgemeester diende zijn opvolger minister Pechtold nieuwe voorstellen in over de gekozen burgemeester.

Een belangrijk succes was het referendum over de Europese Grondwet in 2005. Hieraan lag een initiatiefvoorstel ten grondslag dat onder andere was ingediend door Boris van der Ham.